进入城市化发展后期,高端制造业、创新型产业、现代服务业成为产业转型升级目标,城市高质量发展被提上日程。在缺乏新增土地空间的情况下必须挖潜存量用地的功能价值,三旧改造近年来在珠三角地区大举兴起。村级工业园由于用地规模与产出效益不匹配、环保消防违建问题突出等劣势迎来迫切改造需求,日益成为产业升级的重要存量载体。2020年新《土地管理法》破除了集体建设用地入市流转的制度障碍,推动存量集体建设用地二次开发成为土地市场的主流,大大增加存量集体建设用地在整个土地管理工作中的比重。珠三角地区如广佛等地在实践中发展并总结出村级工业园改造的诸多模式,如政府挂账收储模式、政府直接征收模式、政府生态修复模式、企业长租自管模式、国企统租统管模式、村集体自主改造模式等等。这些模式的实质是政府、村集体、开发商关于土地发展权如何配置的收益之争。村级工业园改造增值收益如何在各主体间公平、合理分配,既保证地方政府推进改造的积极性,又能够合理地让利于民、提高村民集体收益,是村级工业园改造亟待解决的问题。本研究基于威廉姆森社会分析理论框架,研究为何不同的村级工业园改造需要采取不同的治理结构及何以形成差异化的资源配置效果。通过政府主导征收入市与村民集体主导直接入市两类村级工业园案例的比较研究发现,交易属性、行动主体特征、改造地块所在区域的经济发展特征会对治理结构的选择产生影响,不同的治理结构又会导致资源配置的差异。一般而言,当资产专用性、土地产权异质性、成本收益不确定性越高、区域经济发展状况较差时,村级工业园改造越可能采取政府主导的治理结构;反之越可能采取村民集体主导的治理结构。行动主体的数量或规模越小、利益趋同性越强、村集体对资产的运营能力越强、拥有的社会资本越丰富、区域经济发展状况越优越,越倾向于采取农民集体主导的治理结构。通过具体案例测算了两种模式下的土地增值收益分配比例,研究发现政府主导的治理结构下产生了较大的土地增值收益总额,但村民集体分享到的比例较低。而直接入市模式受当前改造地块特征以及市场认可度的影响,土地增值总额较少,但村民集体获得的增值收益较多。基于此从多元治理结构、政府角色定位、土地权益配置、村社治理创新等方面提出对策建议。