目的：世居藏族人群对高原低氧环境有极强的适应能力，这种高原适应性遗传度很高。基因组筛查是一种寻找遗传疾病/性状易感基因的有效方法，前期研究已发现了一些藏族人群高原适应有关的候选基因。虽然多项研究均提示HIF(Hypoxia inducible factor)相关基因（如：EPAS1、EGLN1）参与了藏族人群高原适应过程，但缺氧相关通路在该过程中的作用仍需系统评价。方法：⑴SNP-MaP(SNP microarrays and pooling)分析：收集300名高海拔(>4,500m)藏族人和300名低海拔(<2,500m)中国汉族人血样，提取基因组DNA，每个试验亚组样品DNA等量混合，构建藏族组和汉族组DNA混合池，通过全基因组SNP芯片高密度杂交分型，估计藏/汉各位点的等位基因频率差异。⑵藏/汉人群数据集整合：下载Simonson和Yi的藏族样本多态性数据，利用HapMap和1000Genomes中CHB为对照进行关联分析。⑶功能诠释：预测藏/汉人群差异位点所涉及的候选基因，利用GSEA分析确定生物学通路与高原适应特征的关联(p <10-2)；筛选出阳性通路，同时结合缺氧反应相关的通路，构建基因-通路-基因关系网络。结果：⑴数据质量控制：经过高通量芯片杂交分型，获得SNPs位点两个等位基因杂交信号强度值，通过QC获得常染色体区域862,411个质控合格的SNPs，藏族组和汉族组三次平行实验两两之间信号相关性均大于0.97，提示芯片实验技术的重复性较高。⑵候选基因：全基因组中，EPAS1区域的SNPs在藏/汉人群间差异最强；在SNP-MaP分析中，具有显著性种群差异且被Simonson或Yi藏族样本支持的候选基因共有49个，其中具有缺氧功能诠释的基因有五个，分别为EPAS1(rs13003074, p=2.16E-42)、IL10(rs4579758, p=5.54E-23)、SLC8A1(rs2160777, p=3.54E-18)、EGLN1(rs2244986, p=7.75E-17)和PIK3R1(rs13156223,p=2.58E-09)；而前期研究发现的高原病候选基因未在本研究中得到验证。⑶通路分析：HIF (GO:0097411)、能量代谢、造血、铁离子平衡、细胞生长、神经及免疫等相关通路具有显著差异。结论：EPAS1和EGLN1是普遍证实的藏族人群高原适应相关基因，而IL10、SLC8A1和PIK3R1可能是新的候选基因；HIF信号通路可能是藏族人群高原低氧适应的基础，它在红细胞生成，血管生成及舒缩、能量代谢等多方面具有重要作用，促使藏族人群适应高原低氧环境。