随着科学技术的发展,大量的工业产品和科学成果应用到农业生产中,加快了农业发展的现代化进程。然而在农业生产中,不合理的利用现代技术,如过量使用农药、化肥、农膜等产品,不仅造成了资源的浪费,而且影响了农业生态系统的正常运行,因此,合理评价农业生态系统的现状以及预测并引导农业生态系统的良好发展是非常重要的。本文应运能值分析理论,通过计算重庆市2001-2010年农业生态经济系统投入与产出能值总量,并选取了能值评价指标、三元相图法对重庆市农业生态经济系统进行了详细分析,并对其发展方向进行了预测。具体结论如下：(一)通过重庆市农业生态经济系统的能值投入、产出分析,可知重庆市农业以种植业、畜牧业为主。种植业水平不断提高,作物结构逐步向多元化发展,并且开始重视经济作物给农民带来更多实惠的效用,大力发展经济作物。同时,应充分利用重庆市光热资源优势,大力发展经济效益高的蔬菜和果品等特色经济,进一步提高它们的能值产出,提高当地农业经济和农民收入。根据本区域的地理优势,合理开发当地资源,发展特色畜牧业。种植业中的富余粮食增加了食粮牲畜和禽类的比例,更多的支持畜牧业发展,使得种植业和畜牧业进一步走向协调的可持续发展。渔业产出能值在总产出能值的比重较小,应合理利用优势资源大力发展渔业,来增加农民的收入和生活水平。随着重庆市“森林重庆”的发展要求,林业能值产出将大幅度增加,但在开发中应合理利用,实现资源的可持续利用与生态环境的保护。(二)通过能值评价指标对重庆市农业生态经济系统的分析,可知重庆市面积较大,其所蕴含的环境资源较多,系统发展的自我支撑能力较强。与传统农业不同的是,重庆农业生产对自然资源的依赖程度逐渐减少,抵御灾害的能力不断增强,生产能力的稳定性相对提高,但仍需加大经济反馈能值的投入力度。农业生态经济系统整体结构功能较好,运转性能与效率较高,能值产出与回报率较高,农产品市场竞争力较强。但从整体上看,重庆市农产品应在系统内进行深、精加工,避免不应当的能值损失。农业人口生活水平和农业生产效率在逐步的提高。重庆市的农业发展远未达到高投入高产出的状态,仍有较大的发展潜力。在系统内部对农产品进行深加工和精加工,避免效率低下造成的能值损耗。还应加大科技投入,发展绿色农业,增加人工投入效率促进现代农业的发展；同时还应重视农业生态建设,科学利用化肥、农药、农膜等,减少他们对环境造成的污染。(三)通过三元相图法对重庆市农业生态经济系统分析,可知重庆市农业生态经济系统内部结构不断优化,发展水平不断提高,农业发展逐渐摆脱对自然环境的依赖,而对化肥、农药和农业技术等经济反馈能值的依赖程度逐渐加强。重庆农业生态经济系统逐渐由传统农业向现代农业过渡,越来越依靠工业化,是该地区经济发展水平在农业生产中的反映。但应注意在有利于农业生产良性发展的过程中,应当把经济反馈能值中的不可更新工业辅助能控制在适当的范围内。在农业生态经济系统中对各类资源能值的利用结构不断地进行调整和改革,并逐渐的加大对经济反馈能值中的可更新环境资源的依赖程度。但农业发展过程中过分依赖经济反馈能值,会加重对环境的影响压力,最终对系统的可持续性发展产生负面影响。最后提出了重庆市农业生态经济系统的发展方向：即结合当前的发展现状,在不可更新资源和经济反馈能值利用比例保持相对稳定的情况下,沿可更新资源的敏感线发展,采取相应的节约资源和保护环境的有效方法,从而减小不可更新资源的利用强度。通过上述分析,本文提出了合理调整能值投入结构,降低不可更新环境资源投入比例,适当增加经济反馈能值；充分挖掘本地资源潜力,提高其利用效率；改善本地自然环境,制定综合、全面、可持续措施；合理利用外部资源,妥善协调系统中经济反馈能与环境承载和可持续发展的关系等相关措施。