随着我国普通高校规模的逐渐扩大，一方面政府不断加大对高等教育的投入力度，另一方面，在高等学校内部也存在着经费支出结构不合理、经费使用效率不高的问题。这些问题成为了制约我国高等教育发展的瓶颈，在这种形势下加强高校经费支出结构和利用效率研究就显得尤其重要。　　本文通过教育部属的72所院校2010年财务数据，分析了生均培养成本和经费的支出结构。研究发现72所院校生均培养成本较高，基建费占教育经费比重偏高，且人员经费占事业性经费的比重偏低，此外生均培养成本与生职比存在一定负相关关系、与学校规模没有显著的相关关系．　　随后采用DEA分析方法对72所高校教育经费配置的相对效率进行了总体评价，研究发现效率排名与现行大学排名不存在明显关系。总体上大多数学校都存在投入相对冗余和产出相对不足的问题，经费使用的整体效率的缺失主要是由于技术（结构）效率的缺失，即投入量无法转化为有效的产出量，少数学校的低效率单纯是由规模效率引起的。对于非有效的高校来说，要达到经费使用有效则应增加产出并减少投入，对于规模效率缺失的高校来说还要注意适当控制投入规模。此外研究还发现大多数学校都处于规模收益不变或递减的状态。总的来说，提高经费的使用效率需要从经费投入规模和使用结构两方面同时入手加以改进。对于经费使用效率的各影响因素，投影分析则给出了各学校投入产出指标的调整值以供参考。　　本研究为优化我国高等教育经费资源的配置和使用提供了参考。在高等教育规模扩大的同时，还应对我国现行高等教育管理体制进行调整，实现经费的优化配置，加强教育经费的监督评价，树立效率意识，并改善高校内部管理机制和经费管理手段，通过改善经费的支出结构和投入产出比例以实现教育经费的高效使用。