医药制造业作为高技术产业,科技创新是其核心竞争力,尤其是中国加入WTO以后,市场对外开放,专利技术保护得到加强,使得长期靠仿制药品维生的我国制药企业不得不加强研发创新。因此科技资源在该产业发展中的地位更是举足轻重。然而鉴于我国目前的科技资源非常有限,我们必须把有限的资源用在能产生最大效用的地方,即科技资源得到最优化配置。文章从分析我国医药制造业科技资源配置现状入手,总结了目前科技人力、物力、财力、信息、组织资源的配置情况。继而运用数据包络分析方法对其1995—2003年科技资源配置的有效性进行评价,发现我国医药制造业科技资源配置基本都是有效的。然后在对影响科技资源配置的因素进行分析的基础上,设置指标对我国医药制造业科技资源配置的合理性进行了评价,发现我国医药制造业科技资源配置存在配置规模过小、配置强度过低、配置结构不合理、配置机制过于偏向市场调节等不足。针对这些不足文章从企业创新动力、研发资金来源渠道、资源分配集中与否、医药发展历史、科技成果转化机制等方面剖析了导致我国医药制造业科技资源配置不合理的原因。最后基于我国医药制造业科技资源配置现状,参考日本医药制造业科技资源配置的经验,为优化我国医药制造业科技资源配置提出了合理化的建议:充分发挥政府管理调控作用,规范信息技术市场,进行产业优化重组,加大基础研究投入,强化产学研互动,加强与知名医药企业联合研发。