2018年10月新修改的《刑事诉讼法》正式将认罪认罚制度写入法条中,详细规定了认罪认罚从宽制度的相关运行程序,如增加规定值班律师制度、将认罪认罚等情况作为判断审核危险性大小的因素、规定认罪认罚案件审查起诉阶段检察机关应当听取当事人及诉讼参与人的意见、认罪认罚案件具结书的签署等。如何正确适用、完善认罪认罚从宽制度,一方面决定了刑事诉讼效率能否最大化和司法资源能否最优化,另一方面也直接体现了能否对被告人人权充分保障与能否维护社会稳定。中国认罪认罚从宽制度与国际上的辩诉交易制度、认罪协商制度都体现了认罪从宽的精神,纵观国际司法,认罪从宽相关的制度一直有强大的生命力,在产生问题、解决问题中不断发展和完善,不仅维护了社会的公平、正义、秩序,也提高了司法效率。如何完善认罪认罚从宽制度的运行程序有其重大的现实意义。本文着重于研究该制度的运行程序的完善,从实证主义角度,对该制度提出的立法背景和司法现状进行了全面的分析,指出该制度在实践中面临的困境和原因,尤其关注新刑诉法实施后认罪认罚从宽制度的检察实践难题。本文亦采用比较研究的方法,将该制度与美国辩诉交易制度、德国认罪协商制度、日本认罪制度的运行进行对比,充分借鉴了辩诉交易的证据开示、量刑规范化及有效辩护、德国的认罪协商、日本的快速办理等制度,对该制度在刑事诉讼中的实际操作运用提出了丰富的构想,通过跟我国实践难题相对比,立足在检察环节实现刑事案件认罪与不认罪的分流、复杂与简单的分流,为司法实践者提供有益的参考。论文的基本内容分为四大部分:第一部分论述中国认罪认罚从宽制度的内涵、提出背景、评析国外可借鉴的经验-美国辩诉、德国认罪协商制度、日本认罪机制,从国内背景及国外经验来通观认罪认罚从宽制度的精神和内涵。第二部分论述中国认罪认罚从宽制度的现状及问题,首先论述相关现存的认罪认罚制度的改革现状,因为检察官、法官员额制改革后更需要认罪认罚从宽处理制度来繁、简分流案件。再次,从实践分析检察阶段认罪认罚制度在现实中遇到的困难,通过部分案例来分析。第三部分阐述产生问题的原因,先论述诉讼公正与诉讼效率间的冲突,其次论述检察官起诉裁量权的局限性,最后论述认罪认罚案件的程序运行缺陷。第四部分阐述认罪认罚从宽制度的运行程序完善,是综合本文,提出解决问题办法,首先检察环节完善,包括完善起诉裁量权方面和提高案件办案效率方面,其次论述认罪认罚案件的证明标准,最后相关制度保障,包括建立证据开示制度、完善辩护制度及设立被害人参与制度。