文蛤（Meretrix.meretrix）是我国沿海水产养殖的重要经济贝类，其丰富多彩的壳色花纹可以遗传给后代，并且与生长、抗逆等经济性状密切相关，一些色泽鲜艳的文蛤商业价值显著提高。许多水生动物体色、壳色多态性的产生是由于体内控制色素合成的基因发生变异，而且红、黄体色的形成与自身类胡萝卜素的含量密切相关，培育壳色艳丽的文蛤新品系对文蛤养殖业具有重要的意义。在表观遗传学研究中，DNA胞嘧啶甲基化现象影响着生物体表型的改变，是真核生物基因组DNA修饰加工的方式之一。本研究以4个文蛤品系（红壳、黑斑、白壳和细纹）为试验材料，显微观察其外套膜色素带并采用分光光度计法对红壳和白壳文蛤外套膜中的类胡萝卜素含量进行测定；从文蛤转录组文库中筛选出类胡萝卜素积累过程的两个关键酶——GGPP合成酶（Geranylgeranyl pyrophosphatesynthase，GGPS）、β-胡萝卜素加氧酶（beta,beta-carotene9’,10’-oxygenase-like，crtO）的EST序列，利用RACE技术获得了GGPS和crtO基因的cDNA全长，并利用qRT-PCR技术对GGPS和crtO基因在不同壳色文蛤（红壳、粉红壳、黑斑和白壳）外套膜、红壳文蛤不同发育时期和不同组织中的表达量进行分析，试图探究类胡萝卜素在不同壳色文蛤外套膜中的沉积规律，为文蛤呈色机理的研究提供依据；此外，利用MSAP标记技术分析4种壳色文蛤甲基化差异，探索DNA甲基化和文蛤壳色之间的关系。主要研究结果如下：1.采用显微观察法观察红壳和白壳文蛤外套膜色素带，结果发现，黑斑个体的外套膜边缘近贝壳面有一条较深的色素带，而且在同一贝壳上黑斑区域的色素带清晰，非黑斑区域无色素带；红壳个体的外套膜边缘有一条红色的色素带，而白壳色个体没有色素带。分光光度法测定和SPASS软件分析发现，红壳和白壳文蛤体内总类胡萝卜素含量存在极显著差异，分别为1.703ug/100g和0.50ug/100g。2.获得了文蛤GGPP合成酶基因的cDNA全长序列，该cDNA全长1130bp，开放阅读框882bp，编码293个氨基酸，推算分子量约为33.7kDr，理论等电点为6.64；氨基酸序列比对表明，其与非洲爪蟾（Xenopus tropicalis）和海蜗牛（Aplysia californica）的序列有较高同源性，分别达到74.1%和73.7%；对其结构预测显示，该蛋白具有异戊二烯转移酶中2个保守的特征结构域（LLIDDIEDNSNLRRG和LGLYFQIRDDYAN）。crtO基因的cDNA全长为2967bp，开放阅读框1827bp，编码608个氨基酸，推测分子量68.09kDa，理论等电点为5.58；该基因所编码蛋白质的氨基酸序列与鸡（Gallus gallus）和绿海龟（Chrysemys picta bellii）的相似性分别为50.1%和45.5%。3.利用qRT-PCR技术对GGPS和crtO基因在文蛤红壳、粉红壳、黑斑和白壳群体外套膜中的表达量进行了分析，结果发现GGPS和crtO基因在红壳文蛤中的表达量均最高，粉红壳和黑斑次之，白壳最低，由此初步推测文蛤壳色的形成与体内类胡萝卜素相关。GGPS基因和crtO基因在红壳文蛤不同发育时期（卵子、细胞、囊胚、原肠胚、单轮期、眼点和稚贝）的表达量进行统计，GGPS基因和crtO基因在各发育时期均有表达，其中在眼点期的表达量极高，明显区别于其他发育阶段，另外，两基因在各发育时期的表达量总体上呈现不统一的上调与下调交互的趋势。GGPS在原肠胚和囊胚期的表达量基本相近，crtO基因在囊胚和单轮期的表达量基本相近。到稚贝期，两基因的表达量都较眼点略低，但GGPS的下降幅度远大于crtO基因。GGPS基因和crtO基因在红壳文蛤不同组织（鳃、外套膜、闭壳肌、足、内脏团和水管）的表达量进行统计，GGPS基因和crtO基因在外套膜中的表达量显著高于其它组织，并且GGPS基因在外套膜中的表达量又高于crtO基因。4.利用MSAP分析技术对红壳、黑斑、细纹和白壳4种壳色文蛤的甲基化水平及壳色差异性位点进行分析。上述四种壳色文蛤半甲基化率分别为5%、9%、0%和4.5%，甲基化程度分别为20.39%、18.18%、19.23%和10%。E70HM1、E35HM8和E42HM3引物在4种文蛤壳色花纹品系基因组DNA扩增结果分析发现有一条在黑壳文蛤中缺失而其他三种壳色中均有扩增的条带。