CRE相关重症肺炎临床特点分析及分子流行病学研究

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【目的】本研究通过采集2019年1月1日-2020年9月1日就诊于我院重症监护病房(ICU)符合纳入及排除标准的重症肺炎患者的下呼吸道标本,筛选出碳青霉烯类耐药的肠杆菌目细菌(CRE),收集患者临床数据以调查重症监护病房中CRE相关重症肺炎的危险因素,降低病死率及改善预后;分析CRE产碳青霉烯酶及耐药基因情况;采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)进行同源性分析,为有效控制CRE医院感染和合理使用药物提供依据。【方法】1.统计我院2013年-2020年CRE的菌种构成、标本分布、科室分布情况;我院ICU2013年-2020年CRE相关重症肺炎检出以及死亡情况。2.分析2019年1月1日-2020年9月1日重症监护病房CRE相关重症肺炎患者的临床资料,选择同时期碳青霉烯类敏感的肠杆菌目细菌(CSE)相关重症肺炎的患者作为对照组,采用SPSS 22.0软件进行危险因素分析。以P<0.05具有统计学意义。3.将留取的下呼吸道标本在平板上进行接种,用VITEK2自动化系统进行鉴定和药物敏感性测试,验证是否产碳青霉烯酶则采用表型筛选试验。4.采用聚合酶链式反应(PCR)法检测碳青霉烯酶基因。5.采用随机扩增多态性技术(RAPD)和MALDI-TOF MS分析57株CRE的同源性。【结果】1.从2013年1月1日至2020年12月31日,共收集了1483株CRE,病原菌主要以肺炎克雷伯菌18.9%(1259/6660)为主,肺炎克雷伯菌检出率由2013年的3.71%迅速上升到2020年的36.43%,上升将近10倍。CRE中呼吸道标本占比是最多的。重症监护病房中的CRE比其他科室更常见,8年检出CRE共564株,其中CRE相关重症肺炎为87.06%(491/564),其死亡率更高,为52.5%。2.单因素分析结果显示:过去6个月内住院史、携带其他多重耐药菌、头孢菌素、氨基糖苷类、碳青霉烯类、万古霉素、抗真菌药物的使用可能是重症监护病房CRE相关重症肺炎的危险因素;多因素分析结果显示:携带其他多重耐药菌、碳青霉烯类及抗真菌药物的使用是重症监护病房CRE相关重症肺炎的独立危险因素。3.2019年1月1日-2020年9月1日我院重症监护病房重症肺炎患者下呼吸道标本检出的57株CRE均为感染菌,其中分离出肺炎克雷伯菌56株,阴沟肠杆菌1株。m CIM联合e CIM试验结果显示:57株CRE中有54株产碳青霉烯酶,其中53株产丝氨酸碳青霉烯酶,1株产金属β-内酰胺酶。4.碳青霉烯酶基因检测结果:57株CRE菌株均含有碳青霉烯酶基因,其中A类酶中KPC-2的阳性率为43.37%、B类酶中NDM-1的阳性率为1.75%、D类酶中OXA-48为33.33%,B类酶中未检出VIM-2和IMP。5.同源性分析结果显示:RAPD将57株CRE分成4类,以d类为主要克隆基因型,MALDI-TOF MS将57株CRE分为两个大类,六个亚类,以I类为主要克隆基因型。RAPD的a类中6株(3、4、8、11、36、42)与MALDI-TOF MS的IIb类一致,RAPD的d类中14株(9、17、20、24、25、26、27、30、38、46、47、51、53、54)与MALDI-TOF MS的Ia类一致。【结论】1.重症监护病房CRE相关重症肺炎发生率及死亡率高。2.携带其他多重耐药菌、碳青霉烯类及抗真菌药物的使用是重症监护病房CRE相关重症肺炎的独立危险因素。3.重症监护病房重症肺炎患者下呼吸道感染CRE主要以产碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌为主。4.KPC-2是重症监护病房重症肺炎患者下呼吸道感染CRE的主要产碳青霉烯酶基因。5.MALDI-TOF MS操作简单、耗时间少、成本较低,但与RAPD不完全一致,可能由于样本量少,因此应用于临床菌株同源性分析还需要更深入的实验研究。
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