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本实验采用形态差异以及AFLP技术、线粒体16S rRNA基因片段序列2种分子标记方法,对广西钦州、北海、防城港和广东湛江的施氏獭蛤4个野生群体以及海南、越南2个菲律宾獭蛤野生群体的遗传多样性和系统发育进行了研究,以期为施氏獭蛤分类鉴定、遗传育种和种质资源管理提供理论依据。主要研究结果如下:1、采用主成分分析、聚类分析和判别分析3种分析方法,对施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体的形态差异进行了比较分析。获得了 3个主成分,其贡献率分别为47.52%、21.39%和19.69%,累计贡献率为88.60%。聚类分析结果显示:施氏獭蛤钦州、湛江、北海和防城港4个群体的形态较为接近,而菲律宾獭蛤海南和越南群体与施氏獭蛤4个群体的趋异较大,已达到种间水平。判别分析建立的判别函数的判别准确率P1为80.0%-93.3%,判别准确率P2为83.3%-89.7%,综合判别率为86.7%。2、运用AFLP技术对施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体共176个样品进行遗传多样性分析,所筛选的5对引物扩增共得到438个位点,平均多态位点比率85.16%,平均每对引物组合扩增出87.6个位点。检测到39个特异性位点,可以用作2个物种鉴别的分子标记。施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体的Nei’s基因多样性(H)和香农多样性指数(I)检测的遗传多样性是一致的,由高到低的顺序依次为防城港群体>湛江群体>越南群体>北海群体>海南群体>钦州群体。施氏獭蛤4个群体的遗传距离为0.0287～0.0567,菲律宾獭蛤海南和越南群体的遗传距离为0.0214,施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体的遗传距离为:0.0820～0.1053,用UPGMA法进行聚类分析表明,施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体主要分成2支,在施氏獭蛤群体内,钦州与湛江群体先聚在一起,然后与北海群体聚在一起,最后再与防城港群体聚成一支,菲律宾獭蛤海南和越南2个群体聚成一支,最后这两支再聚成一个整体。结合遗传距离和聚类分析,说明了施氏獭蛤4个群体属于种群间水平。施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体的分子变异分析(AMOVA)结果表明:施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体间的遗传分化指数(Φst)为0.2014(p<0.001),79.86%的遗传变异存在于群体内,而只有20.14%的变异存在于种群间,说明施氏獭蛤4个群体和菲律宾獭蛤2个群体的遗传变异主要来源于群体内个体间的遗传差异。3、在系统发育方面,对施氏獭蛤4个群体115个样品的线粒体16S rRNA基因片段进行PCR扩增和序列测定,得到长度为449 bp的基因片段,共获得15种单倍型,平均单倍型基因多样性(Hd)为0.230,平均核苷酸差异数(K)为0.915。从施氏獭蛤4个群体得到的15个单倍型与2种獭蛤(弓獭蛤和菲律宾獭蛤)以及菲律宾蛤仔和杂色蛤仔分子系统树可以看出,施氏獭蛤4个群体所有单倍型与弓獭蛤先聚在一起,然后与菲律宾獭蛤聚成一支,而亲缘关系较近的外源种群菲律宾蛤仔和杂色蛤仔先聚为一支,然后2支再聚为一大支。