神经外科重症监护室患者耐碳青霉烯类粘质沙雷菌耐药机制及分子流行病学研究

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目的研究神经外科重症监护室(intensive care unit,ICU)患者耐碳青霉烯类粘质沙雷菌的耐药表型、基因型、同源性以及质粒的转移性和生物信息,探讨耐碳青霉烯类粘质沙雷菌的耐药机制及分子流行病学特征,为以后临床的抗感染治疗和医院感染的防控提供理论依据。方法(1)收集2014年10月~2015年3月青岛某家医院分离自神经外科ICU六位患者痰液标本中的6株碳青霉烯类耐药粘质沙雷菌,运用Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统重新进行细菌鉴定及药敏。改良Hodge试验(modified Hodge test,MHT)检测菌株是否产碳青霉烯酶。(2)采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)和多重PCR(multiplex PCR)检测菌株是否携带碳青霉烯酶、超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrum beta-lactamases,ESBLs)、头孢菌素酶(Amp C)编码基因以及喹诺酮类、氨基糖苷类和磷霉素耐药相关基因,并进一步通过测序和序列比对确定耐药基因型。(3)通过脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)检测菌株间的同源性。(4)对菌株进行接合试验,检测携带耐药基因质粒的转移性。(5)基于二代MiSeq测序平台获取菌株及携带质粒的序列,使用ResFinder、The Transposon Registry、ISfinder和INTEGRALL在线网站和数据库分析质粒的耐药基因、移动元件和整合子等信息;Inkscape0.48.1软件绘制质粒基因结构图。结果(1)6株粘质沙雷菌临床分离株药敏表型一致,对头孢曲松、氨曲南、厄他培南、亚胺培南、美罗培南和磷霉素耐药;改良Hodge试验结果均阳性。(2)6株粘质沙雷菌都携带四种耐药基因:碳青霉烯酶基因blaKPC-2、ESBLs基因blaSRT-1、氨基糖胺类耐药基因aac(6’)-Ic和磷霉素耐药基因fosA7。(3)经Xba I酶切粘质沙雷菌基因组PFGE显示6株菌电泳条带位置和数目均完全一致,依据Tenover规则判断6株粘质沙雷菌属相同的菌株(Indistinguishable),即暴发菌株。(4)质粒接合试验显示6株粘质沙雷菌均可将携带blaKPC-2基因的质粒成功转移到大肠埃希菌J53AziR,经S1核酸内切酶酶切显示粘质沙雷菌和接合子都携带一个大小约100 kb的质粒;接合子对头孢曲松、氨曲南和厄他培南耐药,对亚胺培南和美罗培南中介,对其它药物均敏感;接合子只检测到blaKPC-2基因,未检测到blaSRT-1、aac(6’)-Ic和fosA7基因。(5)粘质沙雷菌菌株携带一个质粒,命名为pS1-KPC2(GenBank号:MN615880),该质粒属于接合型IncFIIK不相容性组,仅携带blaKPC-2基因,blaKPC-2位于Tn1722的单位转座子ΔTn6296上。结论(1)该院神经外科ICU耐碳青霉烯类粘质沙雷菌表现为多重耐药表型和基因型,对碳青霉烯类抗菌药物的耐药机制是菌株携带KPC-2基因,产生碳青霉烯酶。(2)携带blaKPC-2、blaSRT-1、aac(6’)-Ic和fosA7耐药基因粘质沙雷菌的克隆播散是导致神经外科ICU患者医院感染暴发的原因,此为国内外首次报道。(3)IncFIIk质粒的转移性和ΔTn6296的结构特点促进了blaKPC-2基因的水平传播。
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