本文以基因表达数据为研究对象。由于基因表达数据存在局部相似和时间延迟的特点，直接应用传统的相似度计算方法难以准确发现表达相似的基因。本文中，我们试图通过计算满足一定条件的局部相似度以刻画基因间的全局相似度，并在此思想基础上，提出基于局部相似片断组合的基因聚类方法。 本文的主要内容包括：将经典的和最新的一些相似度计算方法作出比较分析，提出基于局部最优组合的基因相似度计算方法；并就该方法在基因表达数据中的具体应用分析了其时空复杂度；最后通过实验进一步说明该方法的性能和效果。 此外，因为具有相近生物功能的基因在表达序列上具有局部相似性和时间延迟的特性，我们提出通过挖掘基因之间的局部相似信息——“模式”，利用模式信息的组合进而将基因进行聚类的新方法。最后通过比较该方法和一些传统聚类方法在模拟基因表达数据和真实基因表达数据上的运行结果说明该方法的性能。