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苦瓜(Momordica charantia L.),一种适应在热带和温带地区栽培的葫芦科蔬菜,广泛分布于巴西亚马逊地区、非洲、亚洲、加勒比和南非洲等地,亚洲的苦瓜起源于热带非洲。印度东部和中国南部也存在苦瓜的野生资源。在植物育种中,作物的遗传距离或遗传相似度和遗传变异是非常重要的,而迄今为止,关于苦瓜的遗传研究并不多,而利用分子标记研究苦瓜的种质资源和遗传变异也是远远落后于重要大田作物和模式植物,苦瓜的遗传图谱和数量性状位点也很少有报道。本研究以雌性系Z-1-4为母本,普通自交系189-4-1为父本,配制F1代,单株自交构建144个单株的F2分离群体,利用EST-SSR标记、SSR标记、AFLP标记和SRAP标记构建苦瓜F2群体遗传连锁图谱,采用两年、两地、三季、两种不同栽培模式下对苦瓜的22个数量型性状进行QTL定位。实验结果如下：EST-SSR标记在种属内和不同科间具有可转移的能力,开发了9个黄瓜和7个甜瓜的EST-SSR标记,10个十字花科的EST-SSR标记进行苦瓜的遗传研究；筛选了部分的SSR引物构建遗传图谱；利用EST-SSR, SSR,AFLP和SRAP标记构建了194个位点的苦瓜F2遗传连锁图谱,整个遗传连锁图谱跨度1009.5cM,染色体长度从22.5cM(Lgll)到151.7cM(Lg1)不等,平均长度为84.1cM,分子标记之间的平均距离5.2cM/marker。结合苦瓜育种的目标和趋势,利用F2-3家系在大棚早春栽培模式和夏、秋露地栽培模式下,通过两年、两地、三个栽培季节对苦瓜的数量型农艺性状进行观测记载,通过相关关系分析了22个苦瓜数量型农艺性状的相互关系。两年、两点、三季和两种栽培模式下,对22个苦瓜的主要数量型农艺性状进行了QTL的分析。22个农艺性状分别为雌花开花节位,雌花开花期,雌花开花高度,雄花开花节位,雄花开花期,雄花开花高度,雌花节率,始瓜节位,始瓜高度,始采期,始瓜重,单株产量,单株结瓜数,瓜长,瓜径粗,瓜形指数,单瓜重,瓜蒂长,瓜肉厚,瓜蒂比,节间距,主径粗。结果在三种不同环境中始瓜节位和始采期两个性状未检测出QTL,其他20个性状共检测出63个QTL,平均每个性状检测到3个QTL。其中在三个不同环境中共同检测出9个稳定的主效QTL,分别是控制雄花高度的2个QTL,控制雄花节位的2个QTL,控制雌花节位的1个QTL,控制雌花节率的2个QTL,以及控制单株产量的2个QTL；在两个不同的环境中检测出24个稳定的主效QTL,同时也检测出30个特异环境下的QTL。在三个环境中同时检测出的9个QTL是下一步进行QTL克隆的理想选择区域。在连锁群1、4和5均发现QTL分布热点,这些QTL热点区域含有多个性状的主效和稳定的QTL,如第1连锁群分子标记cs50到cm53区间的6个分子标记,长度52cM区域构成一个QTL热点区域,共有8个QTL,5个与雌雄花开花高度相关,另三个分别是瓜长、瓜径粗和瓜肉厚的QTL。雌花节位、雄花节位、雌花高度、雄花高度和雌花节率5个性状的QTL遗传距离非常接近,推测此5个性状与苦瓜的花芽分化机理相关,部分热点区域可能具有一因多效效应。本研究首次报道利用F2-3代,采取两年、两地、三季和两种不同栽培模式,最大限度的降低环境对QTL分析的影响,分析苦瓜包括产量、熟性、商品瓜型和重要植物学性状的QTL,寻找到可以进行QTL克隆的理想区域。不仅是本研究开发的EST-SSR际记和SSR标记和遗传图谱,或者QTL的定位可能对苦瓜的遗传研究和育种带来便利和进步。