2015年11月1日,正式生效的《刑法修正案(九)》对我国异种自由刑的数罪并罚方式以立法形式予以明确,在法律明确之前,我们虽有司法解释予以指引,但因部分司法解释不具有强制性,司法实务中仍出现同种类型异种自由刑并罚的情况下,判决时却采用不同并罚方法的案例出现。目前现有法律规定在管制和有期徒刑或者拘役数罪并罚时,在先执行较重的有期徒刑或者拘役之后,再执行管制。而在有期徒刑和拘役刑数罪并罚时,只执行较重的有期徒刑,而较轻的拘役刑却不再执行。该数罪并罚的规定虽终结了司法实务混乱的适用局面,解决了无法可依的问题,但也引发了理论界对该法律条款的合理性质疑,不论是有期徒刑和拘役之间的数罪并罚时采用吸收原则,还是管制与有期徒刑或者拘役数罪并罚时采用分别执行原则,这些并罚方式都与刑法整体的数罪并罚原则不相适应,其中吸收原则也违反了刑法中罪责刑相适宜原则的这一基本原则,而分别执行说也不利于刑罚目的实现。诚然法律的明确对司法实务有了很大的促进作用,但两种并罚方式在共性或个性上都存在着剥夺政治权利、羁押期限折抵、累犯等多方面的执行问题尚未明确。笔者通过对我国现有异种自由刑数罪并罚制度进行充分分析的基础上,建议对有期徒刑和拘役刑两者存在并罚时,先通过拘役一日折抵有期徒刑一日的方式将拘役折抵为有期徒刑,然后在二者中最高刑期以上、相加的总和刑期以下,酌情决定最终执行的刑期,另将管制不再设置为主刑,而设为附加刑,与有期徒刑或者拘役刑分别执行。同时还对上述并罚方式可能面临的累犯、剥夺政治权利、羁押期限折抵等方面存在的执行问题都进行提出了恰当的解决方式,得以更好的解决上述问题。