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香蕉枯萎病是一种检疫性病害，其病原为古巴尖镰孢[Fusarium oxysporum f．sp．cubense(E．F．Smith)Snyder]。从漳州的芗城区、长泰县、平和县和漳浦县采集发病香蕉和粉蕉样本进行分离纯化，得到14个古巴尖镰孢菌株。选择香蕉枯萎病菌株FOCAAA4、FOCAAA9和粉蕉枯萎病菌株FOCABB1，分别接种台蕉、巴西蕉、红香蕉和粉蕉，FOCAAA4和FOCAAA9均可感染台蕉、巴西蕉、红香蕉和粉蕉；FOCABB1仅感染粉蕉。将FOCAAA9和FOCABB1分别接种于PSA培养基、CMA培养基、香蕉假茎培养基和粉蕉假茎培养基，结果表明FOCAAA9和FOCABB1在菌落特征、生长速度、孢子形态、产孢量、孢子类型等方面都有差异。利用菌株的硝酸盐营养突变株进行营养体亲和性测定，结果表明采自香蕉枯萎病病株的12个菌株为营养亲和群1(VCG1)，采自粉蕉枯萎病病株的2个菌株为营养亲和群2(VCG2)。以FOCAAA9和FOCABB1为材料，对它们的rDNA ITS区段进行测序分析。结果表明FOCAAA9和FOCABB1亲缘关系非常近，两个菌株的ITS1区的同源性达98.6％，ITS2区的同源性达98.0％。通过鉴别寄主测定、营养分化测定、硝酸盐营养突变株的营养体亲和性测定以及ITS序列分析，可以确定粉蕉枯萎病菌FOCABB1为古巴尖镰孢菌1号生理小种，香蕉枯萎病菌FOCAAA4和FOCAAA9为古巴尖镰孢菌4号生理小种。 本研究建立了利用病菌硝酸盐营养突变株的营养体亲和性测定和PCR检测的病原菌检测技术。硝酸盐营养突变株的营养体亲和性测定方法能准确检测出福建土壤中和香蕉组织内的香蕉枯萎病菌的生理小种，PCR检测方法能快速检测出带菌的香蕉组织。