建立合理、有效的中药质量评价体系是实现中药现代化的前提之一。现行的中药质量标准大多只对中药材的单个指标成分进行控制，因此不能有效地评价中药材的内在质量。本文提出以指纹图谱定性结合多指标成分定量作为核心内容的中药材质量评价体系，并对中药质量评价体系方法学展开了系统的研究。 以人参和丹参作为研究对象，在对两种药材进行高效薄层指纹图谱方法研究的基础上，提出了高效薄层指纹图谱的鉴别原则。此外，通过对丹参药材的高效液相指纹图谱方法的研究，提出了中药材高效液相指纹图谱的方法学验证内容和鉴别原则。该鉴别原则在现阶段具备充分的可行性，已成功地应用于中药材质量标准的制定。 本文对高效液相色谱指纹图谱方法学进行了深入的研究，首次系统地考察了8种人参皂苷在反相液相色谱中的保留行为，并将保留行为规律用于指导人参药材指纹图谱方法的建立。通过对人参指纹图谱耐用性的研究，提出两条提高指纹图谱耐用性的策略，即在指纹图谱的每一类活性成分区设定一个指标成分，并以相对保留值作为指纹图谱的鉴别指标；以及在反相色谱疏溶剂理论的指导下，通过理论计算选择“等效”柱来建立指纹图谱方法。以上研究有效地解决了在中药材高效液相指纹图谱建立和实施过程中存在的实际困难，同时也体现了色谱理论在指纹图谱研究中的重要指导意义。 本文对人参和丹参中两种多指标成分定量的方法学进行了详细的比较研究。建立了人参药材中8种指标成分和丹参药材中6种指标成分的高效液相色谱测定方法，并应用于丹参GAP基地不同药材的评价。结果证明，多指标成分定量能更合理地评价中药材的内在质量。此外，建立了人参中3种人参皂苷的LC-MS测定方法和丹参中4种丹参酮的LC-MS-MS测定方法，结果表明，液质联用技术具有选择性好、灵敏度高等优点，是一种有前景的中药材多指标成分定量分析方法。在定量方法学验证方面，首次将测量不确定度的概念引入中药材质量评价体系中，建立了采用方法学验证数据来评定中药材多指标成分定量分析的测量不确定度的方法，该方法简便易行，其评定结果对中药材分析方法的建立和中药质量标准的制定具有重要意义。