在新三板市场发展壮大之前,我国证券市场已经逐步形成由主板、中小板和创业板构成的多层次资本市场体系,但市场体系仍存在缺少统一的场外交易市场,以及众多业绩状况都不到上市条件的中小微型企业缺乏有效融资渠道的两大问题。在这种情况下,全国中小企业股份转让系统即新三板市场,于2012年1月正式成立并运营。2014年新三板市场全面扩容以来,新三板实现了井喷式的发展。截至2016年12月,新三板挂牌公司总数已经突破10000家,挂牌公司总市值达40558.11亿元,新三板市场为我国众多的中小微型企业提供了融资的新渠道,为我国实体经济的复苏和发展注入了巨大的活力。因此在当前形势下,如何实现进一步完善新三板市场的制度建设、提高新三板挂牌企业的质量、解决新三板市场仍然存在的结构化问题,对我国经济发展具有非常重要的现实意义。然而在我国上市公司和在新三板挂牌的非上市公众公司(以下统称“”上市公司”不作区分)中,普遍存在大股东违规占用上市公司资金的问题。21世纪之初我国A股市场就曾经出现众多上市公司资金被占用的情况,不仅严重影响了上市公司的经营发展、增大了上市公司的潜在财务风险,更扰乱了市场正常的交易秩序、阻碍了国家资本证券市场的健康发展。近年来,资金占用问题大有卷土重来的势头,尤其在新兴的新三板市场中。由于拟挂牌企业大多是初次进入资本市场,公司的实际经营模式与资本市场的市场规则之间存在不小的差距,公司大股东及其关联方在实际经营中极容易出现违规行为;而另一方面许多上市公司在挂牌后表现出股权集中甚至“一股独大”的股权特征,公司实际控制人或大股东手握绝对的控制权和表决权,完全可以绕过公司董事会、监事会和管理层的监督管理随意侵占公司和中小股东的利益。新三板挂牌企业的这些特质在一定程度上决定了新三板滋生出资金占用问题的必然性。本文主要探讨了我国新三板市场上出现的资金占用问题,分别根据S公司和凌志环保的案例情况对拟挂牌企业和挂牌企业的资金占用的手段和成因进行了具体探讨,认为股权结构不合理、内部治理结构不完善、外部审计质量不高、融资困境等原因是案例企业出现资金占用的主要原因。本文还根据企业实际和我国市场监管实际分别提出了微观和宏观的防范资金占用的对策和建议。