目的：本研究采用隔药灸脐针三阴交和针三阴交法治疗原发性痛经，观察两种治疗方法在代谢组学机制上的差异，试图阐释隔药灸脐法治疗原发性痛经的作用机理。方法：将20例原发性痛经患者随机分成两组，其中隔药灸脐针三阴交组10例，针三阴交组10例。对治疗前与介入治疗后患者血、尿样本进行处理及代谢组学分析，比较两组之间的差异。结果：两组治疗原发性痛经的代谢产物谱发生了显著变化，这些代谢产物主要涉及到氨基酸代谢、类固醇代谢等过程。两组均可以通过降低前列腺素、雌二醇、去甲肾上腺素、多巴胺含量，提高孕酮解除子宫平滑肌痉挛从而缓解痛经。与针三阴交组相比，隔药灸脐针三阴交组可以直接通过提高一氧化氮、神经降压素，降低缩宫素、组胺的含量来缓解痛经。结论：隔药灸脐法治疗原发性痛经的机制主要是调节机体生殖内分泌水平，改善其神经、内分泌状况，从而缓解疼痛及伴随症状；灸神阙与针三阴交合用有协同作用。