金黄色葡萄球菌在万古霉素中的表型可塑性研究

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表型可塑性在自然界中随处可见,对生物存在积极作用,可以使得个体随着环境的变化而展现出不同的表型,促进个体适应性进化。目前,针对多细胞生物的表型可塑性研究体系已初步成熟,细菌表型可塑性的研究仍处于起步阶段。金黄色葡萄球菌作为常见条件致病菌,表型可塑性使其在抗生素环境中得以生存,长期处于抗生素环境中则可能进化出耐药性,这已成为全球亟待解决的问题。为探究金黄色葡萄球菌在万古霉素环境中生长情况受到的影响,设置3个不同的万古霉素浓度(0μg/mL,2μg/mL,4μg/mL),41株金黄色葡萄球菌置于BHI培养基中生长48 h,共14个时间点测定其生长表型,绘制所有菌株的生长曲线和最大生长速率,每株菌进行全基因组重测序,借助多变量全基因组关联分析(GWAS)将生长表型和基因型进行关联,通过 G-0-2(0 μg/mL 与 2 μg/mL 万古霉素),G-0-4(0 μg/mL 与 4μg/mL 万古霉素)和G-0-2-4(0μg/mL与2μμg/mL,4 μg/mL万古霉素)的三种GWAS定位显著单核苷酸多态性(SNP)位点,主要研究结果如下:三种多变量GWAS结果得到了众多参与细胞膜,氨基酸及DNA合成的显著位点,也存在大量位于非编码区及基因功能尚未研究的位点。三次多变量GWAS分别得到了 227个、387个和771个位于阈值之上的SNPs。对每次GWAS得到的显著位点按照-logP值由大到小排列,首先过滤单次出现的位点,定位出现频率高及-logP值大的SNP位点,去除位于非编码区和假定蛋白的位点,只保留最高值的非编码区。最终得到4个(SNP738836、264897、1394043及965494)出现频率高且-logP值靠前的位点,其中包含3个位于功能已知蛋白的位点和1个处于非编码区的位点。SNP738836位于SAOUHSC00755和glxK之间,其中SAOUHSC00755与eDNA释放有关,在生物膜形成过程中,eDNA的释放代表细胞膜合成达到峰值。SNP264897所在基因为SAOUHSC00246,此基因编码多重耐药质子泵,参与药物泵出细胞的过程。SNP1394043位于基因为ebh,ebh的突变使葡萄球菌细胞的体积增加并影响了细胞膜包膜的肽聚糖合成和装配。SNP965494所在基因为atiL,此基因编码的两个蛋白与溶血病微球菌、枯草芽孢杆菌和卢格登氏菌细胞壁自溶性有关。本研究通过不同实验分组多变量GWAS分析结果均得到3个出现频率高及显著的基因和1个非编码区,应用多变量GWAS技术从全基因组水平深入探究了在万古霉素条件下金黄色葡萄球菌的表型可塑性,揭示了潜在的生长调控基因,为多变量GWAS定位微生物相关调控位点提供证据支持。
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