传统的、经典的合作社具有社员同质的结构特点。事实上,农民专业合作社社员的异质性具有一般性的特点。社员异质性对农民专业合作社的组织结构、决策机制、治理机制以及运行绩效等方面具有重要影响。在分析农民专业合作社社员同质性的基础上,提出了农民专业合作社社员异质性的内涵,并将其界定在包含13个指标的复合系统;在此基础上,分别从某一合作社内部不同社员之间的异质性和基于社员异质性基础上的不同农民专业合作社之间异质性两个方面提出了其异质性测定的具体方法;其次,运用在陕西杨凌三个农民专业合作社的调研数据,实证分析了其农民专业合作社社员异质性和三个农民专业合作社之间的异质性。结果表明,不论在同一农民专业合作社内部社员之间,还是在不同专业合作社之间,其平均综合指数、组合指数和异质性指数均存在明显差异。