高频通气目前临床已用于：（1）喉、气管、支气管镜检查及气管狭窄的外科手术。通过高频通气，避免产生低氧血症，如将较细的吹气管插入到狭窄段以下气管内进行通气，可减少声带活动，并达到满意的气体交换。（2）治疗呼吸功能不全。如对新生儿透明膜肺、成人型呼吸窘迫综合症、休克、肺水肿等。尤其对用常规机械通气，间歇正压超过20cmH₂O仍不能提高PaO₂和降低PaCO₂的患者，如继续提高吸氧浓度将会招致氧中毒，若提高压力，则影响静脉血回流并减低心搏出量，对纠正休克不利。对慢性阻塞性肺疾患引起的呼吸衰竭，治疗效果如何尚有不同的看法。有些作者初步取得较理想的效果，并认为高频通气时可通过侧孔吸痰，不象常规机械通气那样，吸痰要中断呼吸机，从而可避免产生低氧血症。同时，高频通气患者不存在不同步和蹩气，痛苦较小。如连接较长的导管，患者还可在床旁活动，有利于疾病康复。但少数学者认为，高频通气尚不足以维持慢性肺部阻塞性疾患及肥胖患者满意的血气水平，并认为应列为禁忌。（3）其他方面的应用。如支气管胸膜瘘手术关闭瘘道时，用常规机械通气大部分潮气量经瘘道溢失而导致失败；高频通气却能使此类患者获得充分的通气及氧合。此外，在剖胸手术时，高频通气可保持肺呈中等度扩张，移动少，术中可维持血气在满意水平，为手术创造了良好的条件。