DPP-4与氰基吡咯烷类抑制剂相互作用的分子动力学模拟

来源 :南京工业大学学报(自然科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户：davidfeng2009

【摘要】

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通过分子对接、分子动力学（MD）模拟和自由能分析的方法研究3种氰基吡咯烷抑制剂与二肽基肽酶-4（DPP-4）之间的成键机制,分析和讨论3种抑制剂与二肽基肽酶之间的静电相互作用、范德

【作者】

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顾勇亮董珂珂王伟朱小蕾

【机构】

：

南京工业大学化学化工学院材料化学工程国家重点实验室

【出处】

：

南京工业大学学报(自然科学版)

【发表日期】

：

2015年3期

【关键词】

：

分子动力学模拟 MM-PBSA方法二肽基肽酶-4 氰基吡咯烷抑制剂 molecular dynamics simulation MM-PBSA method

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通过分子对接、分子动力学（MD）模拟和自由能分析的方法研究3种氰基吡咯烷抑制剂与二肽基肽酶-4（DPP-4）之间的成键机制,分析和讨论3种抑制剂与二肽基肽酶之间的静电相互作用、范德华相互作用.用MM-PBSA方法计算得到的3种抑制剂的结合自由能与实验测得的结果是一致的.抑制剂与残基所形成的氢键能够使抑制剂稳定在结合位点.由残基Tyr631和Tyr666与抑制剂形成的范德华相互作用对结合自由能起到关键作用,并且显著地将3种不同抑制剂的生物活性区分开来.

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