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为了解决在水下多通道数据采集系统中不能满足高速大容量数据脱机存储的问题，设计了一种基于 FPGA的磁盘阵列存储方案。在以 Cyclone Ⅳ FPGA 为核心的 SOPC 系统上实现了 IDE 接口控制，并完成了硬盘参数检测与初始化配置以及基于 PIO 模式的数据读写。基于磁盘阵列存储的设计思想，采用 IDE／SATA 双接口和双通道的双存储设计，利用 FATFS 文件系统进行文件的管理，在完成数据备份任务的同时，增强数据存储系统的扩展性和灵活性。