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本文简要介绍了分子分类学中的几个重要问题：即，（１）分子分类法的优点及其局限性；（２）分子树和物种树的关系；（３）分子种与分子分类法的关系；（４）核酸序列数据与蛋白质序列数据之比较；（５）ＭＰ、ＮＪ和ＭＬ法之比较；（６）分子树的可靠性。另外还简要介绍了两个分子分类软件，ＰＨＹＬＩＰ和ＣＬＵＳＴＡＬＶ。