【摘 要】
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从UniGene库中选取编号为BG222624来自人鼻咽组织的表达序列标签(EST)序列,联网到NCBI调用Blast服务器分析,发现该EST序列是一个代表新基因的未知序列.利用Blast检索GenBank
【机 构】
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中南大学湘雅医学院肿瘤研究所,中南大学湘雅医院耳鼻喉科
【基金项目】
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国家重点基础研究发展计划(973计划);
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从UniGene库中选取编号为BG222624来自人鼻咽组织的表达序列标签(EST)序列,联网到NCBI调用Blast服务器分析,发现该EST序列是一个代表新基因的未知序列.利用Blast检索GenBank的nr数据库和EST数据库,构建EST重叠群,联网到NCBI的ORF finder服务器,分析发现该EST重叠群具有完整的阅读框架.分别在cDNA序列阅读框架的起始密码子和终止密码子的两侧设计引物,以人胎脑cDNA文库为模板,进行PCR扩增,测序确定该基因的cDNA全长序列.该基因cDNA序列全长为1 672 bp,阅读框架位于第304～1 557位之间,编码由417个氨基酸组成,分子质量为46.58 ku的蛋白质,其理论pI为4.21.将蛋白质序列通过NCBI的Blast服务器进行序列相似性分析,发现该基因编码的蛋白质和成年小鼠视网膜未知蛋白(BAB32214)同源.经与国际人类基因组命名委员会协商定名为成人视网膜假定蛋白(adult retina hypothetical protein, ARHP),GenBank登录号为AY174896.生物信息学分析表明,该蛋白质可能为一参与转录调控的核蛋白.ARHP基因定位在染色体5q35,跨越35 163 bp,含4个外显子和3个内含子.在基因的5′非翻译区有2个CpG岛.
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