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新疆在解放后，修建了很多平原水库，绝大多数的平原水库都坐落在透水地基上，这些水库给新疆的经济建设作出了巨大贡献，但随着时间的推移也带来了很多弊端。本文分析了新疆平原水库的渗漏危害，阐述了水库造成土壤次生盐碱化的机理；通过建立无限深透水地基上坝基渗流的数学模型，得出了坝基水平铺盖防渗和垂直防渗在减小渗流方面的有效性。同时，根据新疆在降低土壤次生盐碱化多年的经验，总结了从坝体、坝基到水库四周，再到农田一整套的治理方案。