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2012年11月9日，2年一次的“中国高校精品·优秀·特色科技期刊奖”评比活动获奖结果揭晓，《云南大学学报（自然科学版）》荣获“第四届中国高校精品科技期刊奖”，这是教育部自2006年启动精品科技期刊战略以来，《云南大学学报（自然科学版）》连续第4次获此奖项，据统计，全国高校主办的近1500种科技期刊中，仅30种期刊连续4次获此殊荣。