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菌落失调症是描述“在禁用抗生素促生长剂后出现的肠道细菌异常平衡现象”的术语，20世纪90年代中期在一些北欧国家开始使用。此术语对病症的定义不是十分准确，但是这一病症与潮湿垫料或变质垫料及20～30日龄鸡群的带有未消化饲料的苍白粪便有关，通常还能见到泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便；垫料表面光滑；鸡只可能存在“甩料现象”（将颗粒饲料甩出料盘），在鸡群粪便和肠道中可见到未消化的饲料；饮水量发生波动，通常见到饮水量增加。粪便中水分增加可作为诊断依据。这种粪便容易挤出水，而正常的粪便可在手上滚动，并保持原样。