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[目的]通过二级医院与三级医院单病种管理实施效果的比较研究，进一步明确二级医院和三级医院在单病种管理中的主要职责，合理利用医疗资源。[方法]按照随机抽样的原则，抽取西安市7家三级医院、39家二级医院；宝鸡市4家三级医院、18家二级医院。采用回顾性调查研究的方式，选取三种常见病种，调查效果指标并进行对比分析。[结果]二级医院与三级医院相比，平均住院日、出院人数、平均医药费用及平均药占费用都存在明显差异（P〈0．05），而好转率不存在明显统计学差异（P〉0．05）。[结论]应进一步加强患者及医护人员合理利用医