核苷酸序列是生物体遗传信息的载体,是现代生物学和生态学的基础数据。随着测序技术的进步,大量核苷酸序列被提取并存储在公共数据平台中,其中Gen Bank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)是目前最大的核苷酸序列数据平台之一。截至2015年2月,该平台收录核苷酸序列总数已超过1.8亿条、覆盖全球超过30万个物种。但如何从如此海量的数据中准确、快速查找并下载所需数据已成为限制基因数据广泛使用的障碍之一。为此,我们开发了一款可高效、准确下载Gen Bank数据的生物信息学软件NCBIminer。NCBIminer可根据用户提供的核苷酸序列名称、数据类型、一或多条初始化参考序列,查找并下载用户指定的多个物种或类群的特定基因序列数据。该软件下载地址为https://github.com/greengirl/NCBIminer/releases/,可在Windows、Linux和MAC操作系统下免费使用;同时,其操作简单,用户无需生物信息学背景。为方便该软件的使用,本文将介绍该软件的工作流程与算法、安装及使用过程中的参数设置等。