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中国科学院广州分院始建于1958年.1961年与中国科学院武汉分院合并为中国科学院中南分院,1969年12月撤销,将院在广州地区和武汉地区的科研单位分别下放给广东省和湖北省管理.1978年5月,中国科学院从广东省科学院当时管理的科研机构中划出6个单位,连同正在筹建的广州地质新技术研究所,归属中国科学院建制,复建中国科学院广州分院.