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采用均匀设计，对影响黑木相思ISSR-PCR体系的引物、Mg^2＋、dNTP、Taq DNA聚合酶和模板DNA浓度等进行5因素5水平和5因素3水平两轮优化，建立了适合于黑木相思ISSR-PCR的体系：在20μL反应体系中，含引物0.30μmol·L^-1，Mg^2＋ 3.00mmol·L^-1，dNTP 0.15mmol·L^-1，Taq DNA聚合酶0.75U，模板DNA 2.00ng·μL^-1。在此基础上对扩增程序中的循环次数、退火温度、退火时间进行筛选，获得