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通过对虹鳟（Oncorhynchus mykiss）线粒体COI和16S rRNA基因片段PCR扩增，经纯化、克隆、测序后，对基因序列进行分析，进一步对虹鳟进行物种分子鉴定。测序结果表明：COI基因序列长为686 bp，其中A,T,C,G含量分别为23.03%,29.15%,29.01%,18.80%;16S rRNA基因序列长为607 bp，其中A,T,C,G含量分别为27.84%,21.58%,25.21%,25.37%。将得到的基因序列通过GenBank和BOLD两数据库进行比对，GenBank中没有虹鳟的线粒体16S rRNA基因序列，比对结果为0,COI基因比对结果为99%，而在BOLD中的比对结果为100%，鉴定结果为虹鳟。生产实践中可通过此方法提供一种基因标签对虹鳟幼鱼、鱼糜制品和三文鱼片等进行种类鉴定。