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土壤生态系统是整个生态系统中物质循环和能量转化的重要场所,土壤生态系统的稳定与否直接关系到赖以其生存的作物的生长和发育,并最终影响到整个农业系统的稳定性.土壤生态系统中蕴含着极其丰富的微生物群落(主要有细菌、放线菌和真菌三大类),它们参与土壤中诸多的生物化学过程、有机物的分解转化、菌根的形成等,是土壤养分转化及有机物质分解的基础,它们与植物互利共生并影响着生物多样性和生态系统的功能,在生态系统中起着举足轻重的作用,转基因作物可能对土壤微生物群落存在着重要的影响，但该领域的研究仍是一个长期而复杂的过程，需要从不同的角度开展系统的研究工作。目前已有的研究还比较零散，也迅需综合多种研究策略或开发新的研究策略来进一步阐明两者之间的密切联系。