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为了增进中国与东盟各国政府检验检疫主管部门间的相互了解与合作。维护区域内质量、安全、卫生、健康与环保，防止疫情疫病传播。解决各国高度关注的全球性重大公共卫生安全问题，加速中国-东盟自由贸易区出入境人员、货物和交通工具检验检疫便利化。促进中国-东盟区域经济快速、健康、和谐的发展。2006年11月2日，中国-东盟检验检疫官员聚首南宁。共商中国-东盟出入境检验检疫合作大计。