国家重点生态功能区的规划发展与产业准入负面清单制度的实施是我国维护国家生态安全、高效供给生态产品、实现国土空间科学规划、引导产业绿色发展的重要举措。本文基于产业准入负面清单制度有效实施对配套财政政策的需求,探讨相应改革路径。本文认为在产业准入负面清单制度建设过程中,配套财政政策存在的主要问题在于纵向转移支付与负面清单制度匹配程度不高、横向转移支付政策实施路径受限、税收方式对负面清单制度的适应性缺乏、现有财政政策未能显著解决生态保护与经济发展矛盾等方面。产生上述问题的深层次原因主要在于产业准入负面清单的制度逻辑矛盾、地区间生态利益关系测算难度大、生态税收实施基础条件缺乏、生态经济模式仍未科学构建。解决有关问题的主要路径在于完善与负面清单制度配套的纵向转移支付制度、通过基金弥补税收方式的不适应性、有效激发财政政策对生态保护与经济发展的平衡作用、完善重点生态功能区生态补偿财政资金的绩效评价体系。