【摘 要】
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目的:筛选骨质疏松性椎体骨折中差异表达miRNA,并分析miRNA-mRNA调控网络作用于骨质疏松性椎体骨折的分子机制.方法:通过GEO在线数据库查找骨质疏松性椎体骨折的miRNA表达谱,借助GEO2R进行分析并筛选差异表达miRNA(|logFC|>1且adj.P值<0.05),利用TargetScan和miRDB在线数据库预测差异miRNA的靶基因,接着通过Cytoscape软件进行PPI网络分析和miRNA-mRNA调控网络可视化,最后通过R3.6.2软件实现GO和KEGG pathway富集分析.
【机 构】
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广州市荔湾区中医医院,广东广州510000
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目的:筛选骨质疏松性椎体骨折中差异表达miRNA,并分析miRNA-mRNA调控网络作用于骨质疏松性椎体骨折的分子机制.方法:通过GEO在线数据库查找骨质疏松性椎体骨折的miRNA表达谱,借助GEO2R进行分析并筛选差异表达miRNA(|logFC|>1且adj.P值<0.05),利用TargetScan和miRDB在线数据库预测差异miRNA的靶基因,接着通过Cytoscape软件进行PPI网络分析和miRNA-mRNA调控网络可视化,最后通过R3.6.2软件实现GO和KEGG pathway富集分析.结果:本研究得到181个差异表达miRNA.其中有98个表达上调的miRNA,有83个表达下调的miRNA.差异表达排名前三的miR-NA分别为hsa-miR-205-5p、hsa-miR-660-5p、hsa-miR-155-5p.蛋白互作网络含有371个节点,1175条边.集簇模块包括:KL-HL11、SIAH1、FBXO11、FBXO22、HERC4等靶基因.GO富集包括翻译后的蛋白质修饰、髓系细胞分化、调节造血作用、类固醇激素反应、肌肉组织发展、积极调节分解代谢过程等.KEGG信号通路包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Ras信号通路等.结论:基于整合的生物信息学方法,本研究成功阐释了miRNA-mRNA调控网络调控骨质疏松性椎体骨折的发生发展中的作用机制,并为骨质疏松性椎体骨折的诊断和治疗提供候选靶点.
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