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土壤中微量元素不仅与土壤类型和成土母质有关，而且更重要的是受土壤环境的影响，土壤酸碱度（PH）是影响微量元素有效性的重要因素。例如华北石灰性土壤由于PH值高，果树常出现缺铁、缺锌症状。酸性土壤中（PH〈6）钼的有效性低，常出现缺钼症状。中性和石灰性土壤施锰肥可能有效，而酸性土壤一般不缺锰。另外，土壤中粘粒和有机质含量的多少也与微量元素的缺乏有关，所以合理施用微肥一定要针对土壤特性而定，否则难以奏效。