经过一连串戏剧性的“勾心斗角”，新东方跨越了依靠经验、无序管理的合伙人制度，公司逐步过渡到规范化管理。
　　在俞敏洪看来。现在新东方的治理结构相当完美，每个人的心态都极其正常。这得益于2004年新东方引入了老虎基金，开始以国际标准锻造企业。在2006年9月上市前夕，新东方的董事会进行了调整，由之前的11人变为5人，新东方创始团队中只有俞敏洪留任，徐小平等均退出。
　　不过，为了规范公司治理结构，新东方付出了很大的代价，经历了长时期的人事震荡，这个过程从2001年开始，一直持续到了2004年。
　　2001年8月27日上午，新东方副校长王强的秘书交给校长俞敏洪一封信。信的封面是“王强亲笔”，抬头是“尊敬的俞敏洪董事长”，落款则是“曾经对你盲信到了心甘情愿把五年最宝贵的人生和才华倾心投入到‘新东方’的你的可畏的前战友王强”，历数俞的过错以及新东方的弊端，并提出辞职、退股、离开新东方。
　　8月28日晚，新东方在北京翠宫饭店九楼会议室紧急召开董事会。讨论王强的有关问题。王强第一个发言，他努力控制着语气和节奏，抑扬顿挫而不失其平时演讲的华丽色彩，完成了一大段感人肺腑的独自，站在道德立场上对俞敏洪的一些作为提出了严厉批评。面对大家的真切挽留，他哽咽了，希望自己的行为能绘老俞敲响真正的警钟，也希望老俞成为伟人。他还表示新东方可以没有他，但不能没有老俞。发言完毕，王强掩面痛哭。
　　随即，副校长徐小平表示支持王强，向俞敏洪递交了辞呈，他的发言则激烈而夸张，回溯历史批判俞敏洪。接下来，包凡一批评俞敏洪过多关注新东方内部问题，忽视发展问题。元老级小股东联盟再一次形成，向俞敏洪施压。会场气氛凝重，平时不抽烟的俞敏洪要了一支烟，闷闷地抽着。关于王强提到的具体问题，俞敏洪逐个做出了解释和道歉，希望王强和徐小平留下来，自己辞去董事长兼总经理的职务，以换来团队的团结。他的泪水在眼眶里打转，会场上也有人泣不成声。紧急董事会开成了董事辞职会。
　　新东方正酝酿着一次深刻的内部危机。俞敏洪早有意识，之前很长一段时间里，他家中原本热热闹闹、海阔天空的兄弟们的聚会不见了。一切源于一年多以前开始的股份制改造，改造中俞敏洪在新东方拥有绝对控制地位。元老股东恐惧权力过于集中，自身利益得不到保证，他们对俞敏洪不再信任。2000年下半年开始，他们甚至推出了“CFO联席会议”制度，用以制衡俞敏洪。
　　“董事辞职会”以后的11月6日，俞敏洪飞回北京，决心已下。他用六步棋让徐小平暂时离开了董事会，以图整顿好新东方。之前，俞敏洪挨个找其他股东谈话，陈述利害关系，瓦解了徐小平的联盟。最后，徐小平离开了董事会一段时间(2002年重回蕾事会)，而王强则捐弃前嫌，回归新东方。至此，新东方躲过一劫，俞敏洪如释重负。11月16日中午，依旧是翠宫饭店，新东方八周年庆典如期开始，元老和新锐一线排开，俞敏洪百感交集。