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顺式调控假说是当前进化发育生物学中重要的理论之一，该假说认为顺式调控元件的进化是调控外表性状进化的主要遗传机制。然而越来越多的实验结果表明，仅靠顺式调控假说远不足以解释复杂的进化发育过程，其他因素也会导致表型的进化，如：与顺式调控元件相联基因的蛋白序列改变；基因及染色体组复制；蛋白结构域与顺式调控元件的灵活性等。文章回顾了近年来顺式调控元件以及与顺式调控元件相联基因的进化发育研究，探讨了进化发育生物学研究的新方法与新思路。