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目的采用MALDI-TOF质谱分析方法鉴定院内感染致病菌。方法同步使用VITEK-2和MALDI-TOF质谱鉴定院内感染致病菌。从检测时间、鉴定率及检出数量进行两种方法的对比。将微生物大分子指纹图谱进行共性峰比对计算,获得院内感染致病菌株间同源性结构关系的差异。结果共检出31株大肠埃希氏菌、28株肺炎克雷伯氏菌及解鸟苷酸拉乌尔菌等罕见致病菌9株。MALDI-TOF质谱检测能够在1h内检出所有的致病菌,且鉴定率和检出数量高于VITEK-2。结论致病菌的院内感染呈现科室为中心点源传播的模式。MALDI-TOF质谱检测速度快、准确率高,能够进行临床耐药菌的聚类分析,有望成为致病菌鉴定和临床耐药菌风险监测工作的主要技术力量。