研究表明,在一些进化分支或有机体之间存在着核苷酸或氨基酸替代速率差异.越来越多的证据表明,种群内的中性分子突变与物种多样化相关.超过98%的陆生真菌属于子囊菌门和担子菌门,而且前者的物种多样性明显多于后者.获得了地衣型真菌红脐鳞的21种蛋白编码基因序列,并应用这些及GenBank中的相关序列进行了随后的分析.建立了3组矩阵:(1)13种真菌,包括105种蛋白编码基因;(2)9种真菌,包括21种蛋白编码基因;(3)299种真菌的nuLSU rDNA序列.应用这些数据,检测了子囊菌门与担子菌门以及子囊菌内部主要纲之间的基因替代速率.蛋白质数据和nuLSU rDNA数据分析显示,子囊菌的基因替代速率显著快于担子菌;而且在子囊菌内部,物种丰富的粪壳菌纲进化速率最快,物种数量较少的锤舌菌纲进化最慢.结果提示,子囊菌的快速进化不是得益于互惠共生、生态条件、无性繁殖、代谢速率或者短世代时间,而可能是由奠基者效应引起的.这是物种数量与进化速率相关的又一证据,与奠基者效应是导致物种丰富的分支进化速率较快的主要原因的假说相吻合.