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近些年来,核序列基因和微卫星标记被广泛地应用于物种遗传结构分析,然而,对于两者的有效性我们却知之甚少。本文以绿背山雀(Parus monticolus)为研究对象,探讨核序列基因和微卫星标记在解析物种遗传结构方面的有效性。绿背山雀中部和西南线粒体谱系分支在核序列基因上存在相应的遗传分化,而在微卫星数据上却不存在分化。两个谱系分支在核序列基因上的FST值是微卫星的4倍。我们认为等位基因大小异源同形(size homoplasy)可能是导致微卫星标记无法区分两个谱系分支的主要原因。我们的研究结果表明在探讨物种