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杂交稻种子由于现有母本无休眠性，颗壳闭合不严，包颈，穗部湿度较大，以及残留赤霉素促进发芽的作用（试验中赤霉素呈双向效应，由于促进穗芽颈促长，减轻穗部温度使穗芽下降，但在同样湿度下穗芽率显著上升），一旦遇上天气不良，穗芽常常很严重，在生产上尤其在山区使用穗芽种，若催芽方法不当或遇早春低温阴雨，很容易造成烧芽和烂种，给农民和种子企业带来了巨大损失。