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目的 对照研究乙肝疫苗免疫阻断失败的儿童和母亲血清HBV DNA水平、基因型及病毒S基因变异情况,探讨导致乙肝疫苗阻断母婴传播免疫失败的病毒学因素.方法 通过实时定量PCR(RQ-PCR)法检测母子血清HBV-DNA含量;PCR法扩增出母子HBV DNA S基因片断,纯化后进行基因测序.结果 7对母子共15份血清HBV DNA均为高水平(＞1.0×108copy/ml).其中2对属于基因B型,5对属于C型.母子间基因序列同源性为99%～100%, HBV-S基因核苷酸测序结果与选定的标准株进行比较,存在多个位点的变异,特别是"a"决定簇的变异.核苷酸变异影响病毒氨基酸的表达.结论 乙型肝炎疫苗阻断HBV母婴传播失败的原因可能与HBV变异株的感染有关,特别是"a"决定簇的变异,变异株来源于母亲。