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目的应用高通量测序技术分析野生树鼩粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用这种新型实验动物奠定基础。方法在云南昆明野外捕捉3只野外成年雄性树鼩,采取粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对树鼩粪便微生物进行研究。结果共测序获得181 657条有效序列与624个OTU,shannon稀释曲线证明此次测序量能够覆盖样本中的绝大部分物种。树鼩粪便中的细菌共鉴定出9个门、17个纲、31个目、56个科、124个属和172个种。其中,(1)优势门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别为68.38%和20.52%;(2)丰度最高的纲为为芽孢杆菌纲(Bacilli)54.81%和拟杆菌纲(Bacteroidia)20.52%;(3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%;(4)优势菌科为链球菌科(Streptococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae),为40.52%和12.13%;(5)乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus)的丰度最高,分别为20.03%和19.62%;(6)有益菌群如乳酸杆菌属、乳球菌属丰度相对较高,双歧杆菌属丰度较低,但在所检测样本中都含有;(7)16 s功能预测发现:氨基酸转运与代谢、碳水化合物转运与代谢等功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,第一次较全面的检测了野生树鼩粪便菌群,野生树鼩粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。