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环境考古学具有以地理学、第四纪环境学为代表的自然科学和以考古学为代表的人文科学两大学科基础。分别由地学与考古学主导的环境考古研究由于学科背景的不同常常处于脱节状态。史前聚落具备的“自然”、“人文”双重属性使其成为联接环境考古两大研究体系的桥梁，并成为地学与考古学主导的环境考古研究相同的发展方向与研究趋势。但是，以社会人类学为基础的聚落考古学关注人类社会的发展状态，其以复原史前社会形态为最终目标。与此不同，以地理学为基础的史前聚落地理研究重视自然环境与人类社会的交互作用，并以史前人地关系及其演化为最终目标。