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在市场经济条件下,产学研合作是不同利益主体之间的合作,各方在合作过程中都非常关注自身的利益。为促进产学研合作的进一步发展,提高科技成果转化率,本文分析了产学研合作中利益主体因各自利益倾向差异导致合作过程中出现的行为困境,如资金风险承担不合理、机会主义行为和利益分配困难,并探讨了政府在解决这些问题时应发挥的功效。