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利用非径向DEA模型和扩展DEA(C2GS2)模型组成两阶段DEA评价模型,对带有独立子系统的决策单元的有效性进行评价.将被评价单元分为有效单元集和无效单元集.对于有效单元,利用子系统有效性指标的权重和对有效决策单元进行排序.方法反应了子系统对决策单元有效性的影响,能够为绩效改进提供更为详细的、具有针对性的管理信息.利用该方法对我国26个省市医药商业企业的运行绩效进行了评价分析,对其中有效的10个省市进行了排序.