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为从转录水平上解析穿心莲体内主要进行的生物进程及其分子机制,选取生长60天的福建漳州生产用穿心莲苗为材料,利用超长单分子测序技术测得其根、茎和倒三叶的全长转录组初始序列信息.对初始序列进行筛选、去冗余、校正、功能注释和基因结构分析.结果 显示,穿心莲基因的功能主要富集于代谢途径、次生代谢产物合成途径及抗生素合成途径.bHLH、bZIP、MYB和WRKY等直接参与次生代谢的转录因子含量位居前10.穿心莲内酯前体合成途径基因出现可变剪切,主要为内含子保留.其中,有1个基因产生了6个可变启动子式的内含子保留mRNA亚型.总之,次生代谢是穿心莲的主要生物活性进程,相关功能基因可通过结合丰富的转录因子和进行高频的可变剪切参与其中.