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明中叶以后，随着商品经济的发展，地方医学的弊端逐渐显现，主要有：地方医官地位较低，被地方官员随意差遣；医药经费管理混乱，地方官员挪用药材银两，医官与药商串通骗价问题严重；医生治病不专业，医疗事故频频发生；医学场所荒废不修或变价不存的问题普遍存在。吕坤在《振举医学》中对医政管理、医学教育提出了一系列对策，包括：着力提高医官地位，要求精通医学的人担任医官；严格管理药材银两，保证药材经费的稳定性；强调医术的专与精，鼓励医生熟读医书；对医生的监督和管理更加严格，并将医疗事故纳入司法程序；借助民间社会力量进行医疗救